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  • 百邁客云 | 百邁客云分析平臺
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    分析平臺

    讓數據挖掘輕而易舉

    立即體驗

    真核生物有參考基因組的轉錄組分析平臺

    基于已知的基因組序列和注釋信息，以新一代高通量轉錄組測序（RNA-Seq）數據作為輸入，根據測序數據與參考基因組的序列比對，識別新的轉錄位點(diǎn)（新基因）、新的可變剪接事

    真核生物無(wú)參考基因組的轉錄組分析平臺

    以新一代高通量轉錄組測序（RNA-Seq）數據作為輸入，從頭（de novo）組裝轉錄本，構建轉錄組（Unigene庫），并對Unigene進(jìn)行功能鑒定，以及結構和表達量分析。

    蛋白質(zhì)組分析平臺

    可以進(jìn)行標準分析和個(gè)性化分析，其中標準分析包括：蛋白表達分析和蛋白注釋分析。設定參數后點(diǎn)擊提交進(jìn)行分析，分析完成后在流程定制頁(yè)面下生成標準化結題報告，實(shí)現一鍵式

    代謝組分析平臺

    代謝組學(xué)分析平臺基于色譜質(zhì)譜等產(chǎn)生的數據，借助于統計學(xué)方法研究生物體內代謝物的變化狀況，促進(jìn)對生物生理活動(dòng)的理解。

    全轉錄組聯(lián)合分析平臺

    可以全局的展示多種RNA以及差異情況，對4種RNA之間進(jìn)行共表達分析，ceRNA網(wǎng)絡(luò )構建，關(guān)鍵RNA篩選以及關(guān)鍵mRNA的KEGG整合通路網(wǎng)絡(luò )分析。

    有參全長(cháng)轉錄組（ONT）分析平臺

    基于參考基因組序列和nanopore轉錄組測序數據進(jìn)行相關(guān)分析，內容包括：數據質(zhì)控（接頭、低質(zhì)量過(guò)濾），轉錄本結構分析（可變剪切、APA分析、CDS預測、轉錄因子預測等）

    全基因組重測序分析平臺

    面向無(wú)任何生物信息基礎的科研工作者開(kāi)發(fā)的集成式分析流程，其部署在高性能服務(wù)器上，可以快速完成數據質(zhì)控、序列比對、SNP/InDel/SV突變檢測、突變注釋、突變基因

    微生物多樣性分析平臺

    可以進(jìn)行標準分析和個(gè)性化分析，其中標準分析包括：物種分類(lèi)分析（包括：群落結構分析、物種Heatmap、物種系統進(jìn)化樹(shù)）、單樣品多樣性分析（α- 多樣性指數、稀釋曲線(xiàn)

    宏基因組分析平臺

    一款結合多年宏基因組項目分析經(jīng)驗開(kāi)發(fā)的一鍵式標準化集成式分析平臺：分析涵蓋了目前微生物宏基因組研究的主流分析內容，分析內容豐富全面，分析結果以結題報告的形式給出。

    微生物基因組

    一鍵式標準化基本分析和個(gè)性化多樣性分析的集成式分析平臺：通過(guò)采用三代測序技術(shù)，對微生物基因組進(jìn)行測序、拼接、組裝，獲得完整微生物基因信息。

    全基因組關(guān)聯(lián)分析平臺

    借助一定的統計學(xué)方法，在全基因組范圍內尋找與表型差異相關(guān)的核苷酸變異的分析方法，在人類(lèi)復雜疾病和動(dòng)植物復雜性狀的功能基因挖掘中廣泛應用。

    BSA分析平臺

    一鍵式標準化分析和個(gè)性化多樣性分析集成式分析平臺．BSA分析，即集群分離分析，它是通過(guò)具有相對性狀的一對親本雜交，在其任一分離后代群體中，根據個(gè)體表型（或基因型）

    醫學(xué)有參考基因組的轉錄組分析平臺

    可以進(jìn)行標準分析和個(gè)性化分析，其中標準分析包括：差異表達基因分析、基因結構分析、新基因分析等。設定參數后點(diǎn)擊提交進(jìn)行分析，分析完成后在流程定制頁(yè)面下生成標準化

    醫學(xué)小RNA測序分析平臺

    miRNA的鑒定與預測；miRNA表達量分析；miRNA靶基因預測；miRNA靶基因注釋分類(lèi)及富集等。設定參數后點(diǎn)擊提交進(jìn)行分析，分析完成后在基本分析頁(yè)面下生成標準化

    醫學(xué)長(cháng)鏈非編碼RNA測序分析平臺

    差異表達基因分析、基因結構分析、新lncRNA預測及靶基因預測等。設定參數后點(diǎn)擊提交進(jìn)行分析，分析完成后在流程定制頁(yè)面下生成標準化結題報告

    繪圖工具

    繪圖工具集成了多款數據展示工具，在方便總覽數據的同時(shí)，還可調整繪圖、交互查看。目前可繪制圖形：熱圖、韋恩圖、柱圖、餅圖、箱線(xiàn)圖、散點(diǎn)圖、點(diǎn)線(xiàn)圖、面積圖。

    聚類(lèi)熱圖繪制

    使用矩陣數據文件進(jìn)行熱圖繪制，可以對矩陣數據進(jìn)行篩選，歸一化和聚類(lèi)等處理。多用于不同樣品間基因表達水平聚類(lèi)分析。

    FASTA工具集

    本工具可對FASTA文件進(jìn)行提取、合并、切分、統計等操作，適用于不同分析場(chǎng)景，如： 1) 組裝序列的過(guò)濾篩選； 2) 基因或其他元件的序列提??； 3) 針對不同軟件的輸入要求

    表格文件轉tab文件

    將xls/xlsx格式的excel文件轉換為tab分隔的文本文件，包含多個(gè)sheet的文件，每個(gè)sheet都會(huì )轉換為一個(gè)文本文件，文件名為sheet的名稱(chēng)。

    基因功能注釋

    對通過(guò)與數據庫的比對，對FASTA格式文件的序列進(jìn)行功能注釋。主要關(guān)注Result/Integrated_Function.annotation.xls這個(gè)表格和KEEG分析出的代謝通路圖。

    BLAST

    基于局部比對算法的序列比對搜索工具。BLAST程序可根據database和infile文件序列類(lèi)型自動(dòng)從四種比對程序（blastn、blastp、blastx和tblastn）中選擇合適的程序

    繪制GO、KEGG分類(lèi)富集圖

    對給定的基因集結合注釋信息繪制GO分類(lèi)富集圖、KEGG分類(lèi)富集及通路富集圖，計算出基因的P_value和Corrected_P-value，定位基因最可能相關(guān)的GO term。

    根據ID列表提取fasta序列

    根據ID列表提取fasta序列：根據給定的序列ID，到目標序列文件中提取出對應ID的序列。注意：ID文件的后綴只能是txt、list、id，且必須為文本文件

    加權基因共表達網(wǎng)絡(luò )分析

    加權基因共表達網(wǎng)絡(luò )分析(WGCNA)是一種從表達數據中挖掘基因模塊（module）信息的算法，可以用于分析各種表達譜數據，不僅是芯片數據，還可以用于二代測序數據得到

    提取相應ID行信息

    數據提取類(lèi)工具，提取相應ID行信息，是按照輸入文件包含的ID列表從指定的目標文件中提取相應的行。輸入文件只能為T(mén)ab分隔的文本文件，不支持excel文件。

    MEGA

    使用MEGA軟件構建進(jìn)化樹(shù)，畫(huà)樹(shù)輸入文件，Fasta格式，文件名必須要以.fa 或 .fas 或 .fasta 結尾。Align方法，推薦使用Muscle

    簡(jiǎn)單重復序列分析

    分析fasta序列的SSR(Simple Sequence Repeat)標記，用于后續的實(shí)驗分析及驗證，主要應用于轉錄本或者Unigene、CDS、EST等序列的SSR標記檢測，及標記結果的引物設計。

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