06月06 植物研究百邁客云解決方案-BMKCloud_數據庫收錄的玉米數據所涉及研究方向：

解決方案概述

 

針對植物基因組學(xué)研究，百邁客云可通過(guò)BMKCloud_數據庫模塊向用戶(hù)提供海量的植物高通量測序公共數據，借助公共數據，可大幅降低研究成本，提升研究層次。數據檢索、下載、保存均在圖形化界面下完成，避免了傳統模式中，須在命令行界面下進(jìn)行數據下載、格式轉換等一系列繁瑣操作的限制，完全適用于國內生信0基礎的用戶(hù)。

對于公共數據的下游分析，百邁客云目前已實(shí)現公共數據模塊與分析模塊的無(wú)縫對接，用戶(hù)可直接將已保存至用戶(hù)目錄的數據直接導入BMKCloud_APP分析模塊進(jìn)行下游分析，該模塊同樣采用圖形化操作界面，無(wú)需用戶(hù)掌握任何編程基礎，高度集成化專(zhuān)業(yè)化的分析流程可保證用戶(hù)快速完成對數據的基礎分析以及必要的數據深度挖掘。

 

BMKCloud_數據庫目前收錄數據9PB，覆蓋約1100個(gè)屬，常見(jiàn)作物數據收錄情況見(jiàn)下圖：

 

BMKCloud_數據庫收錄的玉米數據所涉及研究方向：

 

發(fā)育調控類(lèi)：產(chǎn)量 粒形 花發(fā)育 種子發(fā)育 葉發(fā)育 水稻鐵含量 雄性不育 基因組印記 雜種優(yōu)勢……

非生物脅迫類(lèi)：氨基脅迫 鉀離子脅迫 銅離子脅迫 鋁離子脅迫 磷離子脅迫 鈣離子脅迫 鹽脅迫 氮脅迫 干旱脅迫 熱脅迫……

生物脅迫/免疫互作類(lèi)：水稻條葉枯病毒侵染 稻瘟病侵染 水稻紋枯病菌侵染 水稻條斑病細菌侵染 白葉枯菌脅迫……

其他：ncRNA鑒定 可變聚腺苷酸化事件鑒定 基因組組裝 標記開(kāi)發(fā) 品種鑒定……

 

文章思路

YU C ?et al. Transcriptome dynamics of developing maize leaves and genomewide prediction of cis elements and their cognate transcription factors. Proc Natl Acad Sci . 2015

 

 

1. 數據準備

 

1）玉米種子吸脹階段0-72h公共數據SRA數據庫項目編號： PRJNA179196

2）進(jìn)入BMKCloud公共數據模塊進(jìn)行檢索

3）檢索結果

4）數據保存至BMKCloud用戶(hù)目錄

 

2. 轉錄組數據基礎分析

 

1）進(jìn)入BMKCloud APP界面選擇有參轉錄組分析平臺

2）導入數據

3）選擇參考基因組

4）選擇差異表達分析閾值設定實(shí)驗對照分組

5 ）任務(wù)提交

 

3. 基礎分析結果

 

1）數據質(zhì)控

2）基因結構分析

3）基因轉錄水平定量

4）差異表達基因檢測

5）差異表達基因功能分析

注：文章對兩個(gè)類(lèi)差異表達基因進(jìn)行了功能分析，一類(lèi)為在相鄰時(shí)間點(diǎn)差異表達基因，另一類(lèi)為每個(gè)時(shí)間點(diǎn)與吸脹0小時(shí)（干燥種子）的差異表達基因

4.1 個(gè)性化分析–玉米吸脹階段0-192h子葉中轉錄因子鑒定

 

 

4.2 個(gè)性化分析–WGCNA共表達分析，對玉米子葉發(fā)育過(guò)程中的表達基因進(jìn)行表達模式聚類(lèi)

 

 

4.3 個(gè)性化分析–結合轉錄因子分析結果，鑒定WGCNA聚類(lèi)得到的各個(gè)模塊中的轉錄因子

 

 

4.4 個(gè)性化分析–各WGCNA模塊中玉米轉錄因子的結合位點(diǎn)（TFBS）預測

 

1）使用BMKCloud小工具 motif_discovery 預測處于同一WGCNA模塊且注釋到同一GOterm下的基因集的motif序列

2）使用TRANSFAC、JASPAR、AthaMap等在線(xiàn)網(wǎng)站預測可與上述motif序列結合的轉錄因子

3）使用部署于BMKCloud的BLAST小工具，比對上述得到的轉錄因子序列與玉米轉錄因子序列，從而預測出各WGCNA模塊中存在的TF-TFBS

 

5. 凝膠遷移率實(shí)驗（EMSA）驗證生信預測得到的TF-TFBS

 

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