08月28 真核轉錄組主流程任務(wù)投遞說(shuō)明
一、登錄百邁客云平臺
下載谷歌瀏覽器，輸入網(wǎng)址https://international.biocloud.net/zh/user/login?，進(jìn)入百邁客云平臺登錄界面，輸入賬號密碼登錄。賬號為手機號或者是郵箱，初始密碼為123.bmk.
二、選擇合適的分析平臺
百邁客云包含農學(xué)和醫學(xué)兩大類(lèi)分析平臺，醫學(xué)分析平臺主要針對人、鼠數據的分析，包含：轉錄組、非編碼RNA、單基因病外顯子、腫瘤外顯子、重測序等數據分析，以及全轉錄組聯(lián)合分析；農學(xué)分析平臺可以應用到更多的物種，涵蓋轉錄組、非編碼RNA、微生物、蛋白、代謝等數據的分析，以及全轉錄組聯(lián)合分析等。點(diǎn)擊左側導航分析->農學(xué)或者醫學(xué)打開(kāi)分析平臺列表頁(yè)面，點(diǎn)擊選擇您想要使用的分析平臺，打開(kāi)其詳細介紹頁(yè)面，該頁(yè)面可以看到該平臺的應用領(lǐng)域“平臺介紹“技術(shù)背景“案例“課堂“版本記錄，點(diǎn)擊打開(kāi)軟件即可進(jìn)入到參數頁(yè)面。
三、創(chuàng )建項目名稱(chēng)
為了方便數據、任務(wù)和報告的管理，我們將同屬于一個(gè)項目的內容會(huì )放到一個(gè)項目中，因此進(jìn)行基本分析時(shí)需要先選擇一個(gè)項目，如果沒(méi)有項目也可以點(diǎn)擊+新建先創(chuàng )建一個(gè)項目，見(jiàn)下圖。
四、數據導入
針對FASTQ測序數據，選擇文件夾批量導入，雙端測序數據必須分別以_1.fq和_2.fq結尾，系統便會(huì )自動(dòng)對數據進(jìn)行配對，而且多個(gè)目錄中的文件可以分多次導入進(jìn)來(lái)一起進(jìn)行分析。（在本公司進(jìn)行測序的數據會(huì )自動(dòng)推送到您的賬戶(hù)下，數據所在文件夾名稱(chēng)為合同編號）
導入數據之后，可以根據自己的需要修改樣品ID，由于此處設置的ID會(huì )體現在分析報告和分析結果中，因此請慎重考慮后再設置，分析完成后不可再次修改。如果平臺上還沒(méi)有您自己的數據，請參考數據上傳先將您的數據傳到云平臺上。
四、基本參數設置
一般在這里選擇生信流程版本、設置報告名稱(chēng)等基本參數，如果對于參數設置沒(méi)有特殊要求，推薦使用默認參數。
五、選擇參考基因組（有參）
對于依賴(lài)參考基因組序列進(jìn)行分析的平臺，一定要選擇和分析數據對應的參考物種及組裝版本，不同版本的參考基因組的詳細信息可以點(diǎn)擊基因組版本詳情進(jìn)行查看。（一個(gè)項目只能使用一個(gè)版本的參考基因組進(jìn)行分析）
六、基因功能注釋?zhuān)o(wú)參）
- 組裝方式：
轉錄組組裝方式?jīng)Q定了后續Unigenes庫的構建和表達定量的策略以及分析結果的可靠性.根據實(shí)際情況選擇轉錄組組裝方式。分開(kāi)組裝是對每個(gè)樣品數據單 獨組裝；合并組裝是將所有樣品放在一起組裝；分組組裝適合于不同品種（或者是變異種）的組裝，將相同品種的樣品合并組裝，然后將每組的組裝結果 進(jìn)行合并去冗余。合并組裝獲得的Unigene庫更完整、冗余度更低,因此Trinity官方亦推薦使用合并組裝，以便進(jìn)行后續的表達定量和差異表達分析.
- 注釋物種
為了提高注釋分析的效率(縮短比對比對時(shí)間)以及獲得有效的注釋信息,在選擇注釋物種時(shí),應盡量選擇包含物種最確切的數據庫.（如果分析物種為真菌類(lèi)，一定要選擇真菌選項，否則會(huì )影響組裝效果）
七、差異分組設置
根據實(shí)驗方案設計以及樣品信息，進(jìn)行分組的設置，流程據此進(jìn)行差異比較分析，此處只支持兩組間比較，可添加多個(gè)差異分組。FDR值一般推薦選擇0.01，差異倍數閾值一般推薦選擇（此處的參數和差異分組在后期報告個(gè)性化中可再次進(jìn)行修改）
八、生成標準分析報告
參數設置完成之后，可以點(diǎn)擊保存參數，方便之后進(jìn)行重新分析或者基于本次參數進(jìn)行修改后再次分析；一切準備就緒后，點(diǎn)擊提交將任務(wù)提交到百邁客云計算集群上，根據不同分析平臺、不同數據量等待大概2小時(shí)到3周的時(shí)間完成項目分析，獲取到標準分析報告。
報告查看，點(diǎn)擊項目（管理）?->?我的項目打開(kāi)項目列表，找到之前提交任務(wù)時(shí)選擇的項目，點(diǎn)擊項目名稱(chēng)打開(kāi)該項目，即可看到新生成的分析報告記錄，點(diǎn)擊報告名稱(chēng)查看詳細報告。
點(diǎn)擊報告右上角的項目結果下載，可以選擇下載HTML報告、PDF報告和結果數據（尾款結清后）。HTML報告只包括分析報告的html文件及一個(gè)src文件夾，展示了部分結果；PDF報告是根據HTML報告轉換而來(lái)，方便您進(jìn)行報告打??；結果數據包含了項目中所有結果文件，一般比較大，會(huì )通過(guò)FTP進(jìn)行下載，請耐心等待下載。
