08月27 代謝組主流程任務(wù)投遞說(shuō)明
一、登錄百邁客云平臺
下載谷歌瀏覽器，輸入網(wǎng)址https://international.biocloud.net/zh/user/login?，進(jìn)入百邁客云平臺登錄界面，輸入賬號密碼登錄。賬號為手機號或者是郵箱，初始密碼為123.bmk.
二、選擇合適的分析平臺
百邁客云包含農學(xué)和醫學(xué)兩大類(lèi)分析平臺，醫學(xué)分析平臺主要針對人、鼠數據的分析，包含：轉錄組、非編碼RNA、單基因病外顯子、腫瘤外顯子、重測序等數據分析，以及全轉錄組聯(lián)合分析；農學(xué)分析平臺可以應用到更多的物種，涵蓋轉錄組、非編碼RNA、微生物、蛋白、代謝等數據的分析，以及全轉錄組聯(lián)合分析等。點(diǎn)擊左側導航分析->農學(xué)或者醫學(xué)打開(kāi)分析平臺列表頁(yè)面，點(diǎn)擊選擇您想要使用的分析平臺，打開(kāi)其詳細介紹頁(yè)面，該頁(yè)面可以看到該平臺的應用領(lǐng)域“平臺介紹“技術(shù)背景“案例“課堂“版本記錄，點(diǎn)擊打開(kāi)軟件即可進(jìn)入到參數頁(yè)面。
三、創(chuàng )建項目名稱(chēng)
為了方便數據、任務(wù)和報告的管理，我們將同屬于一個(gè)項目的內容會(huì )放到一個(gè)項目中，因此進(jìn)行基本分析時(shí)需要先選擇一個(gè)項目，如果沒(méi)有項目也可以點(diǎn)擊+新建先創(chuàng )建一個(gè)項目，見(jiàn)下圖。
四、選擇輸入文件
代謝定量文件：針對鑒定到的代謝物進(jìn)行定量的結果表格。制表符分隔的文本文件，第一列為代謝物ID，其他列為樣品的表達量。對格式不清楚的可點(diǎn)擊查看示例下載示例文件。（百邁客項目的結果文件會(huì )直接推送到客戶(hù)賬號下，文件夾名稱(chēng)為合同編號，可直接導入使用）
五、綜合選項
- 流程版本：選擇最新的版本（目前為0）
- Kegg注釋物種分類(lèi)：點(diǎn)擊下拉框選擇KEGG注釋所用的物種類(lèi)別
- 報告名稱(chēng)：可以自定義方便區分的報告名稱(chēng)，可以使用默認名稱(chēng)
- 物種名稱(chēng)：支持自定義物種名稱(chēng)，與后期生成的任務(wù)名稱(chēng)相關(guān)聯(lián)
- 標準化方式：否表示不使用歸一化，總峰面積歸一化表示每個(gè)樣本中的每個(gè)代謝物除以該樣本總的峰面積，內標則是每個(gè)代謝物除以?xún)葮舜x物的峰面積且默認內標的代謝物定性名稱(chēng)為IS，內標不參與后續的分析。（LC推薦使用總峰面積，GC推薦使用內標）
六、差異分組設置
根據實(shí)驗方案設計以及樣品信息，進(jìn)行分組的設置，流程據此進(jìn)行差異比較分析，此處只支持兩組間比較，可添加多個(gè)差異分組。
- 推薦閾值選擇：（1）差異倍數閾值1、T檢驗p值0.05、VIP值1 （2）差異倍數閾值2、T檢驗p值1、VIP值1
（其中vip值采用了正交偏最小二乘法判別分析（OPLS-DA），該分析會(huì )給每個(gè)代謝物一個(gè)變量投影重要度VIP值，值越大說(shuō)明代謝物的差異越顯著(zhù)）
- 分組設置：有幾組生物學(xué)重復就在左側的分組池中添加相應數量的分組，再從右側的樣品池中選樣本加入相應的分組中，1個(gè)樣本只能屬于一個(gè)分組且一個(gè)分組的樣本數目不少于2個(gè)。（這里需要修改分組名稱(chēng)，分析完成后不可修改）
- 差異分組設置：根據實(shí)驗方案設計以及樣品信息，進(jìn)行分組的設置，流程據此進(jìn)行差異比較分析，此處只支持兩組間比較，可添加多個(gè)差異分組。（此處的參數和差異分組在后期報告個(gè)性化中可再次進(jìn)行修改）
七、生成標準分析報告
參數設置完成之后，可以點(diǎn)擊保存參數，方便之后進(jìn)行重新分析或者基于本次參數進(jìn)行修改后再次分析；一切準備就緒后，點(diǎn)擊提交將任務(wù)提交到百邁客云計算集群上，根據不同分析平臺、不同數據量等待大概2小時(shí)到3周的時(shí)間完成項目分析，獲取到標準分析報告。
報告查看，點(diǎn)擊項目（管理）?->?我的項目打開(kāi)項目列表，找到之前提交任務(wù)時(shí)選擇的項目，點(diǎn)擊項目名稱(chēng)打開(kāi)該項目，即可看到新生成的分析報告記錄，點(diǎn)擊報告名稱(chēng)查看詳細報告。
點(diǎn)擊報告右上角的項目結果下載，可以選擇下載HTML報告、PDF報告和結果數據（尾款結清后）。HTML報告只包括分析報告的html文件及一個(gè)src文件夾，展示了部分結果；PDF報告是根據HTML報告轉換而來(lái)，方便您進(jìn)行報告打??；結果數據包含了項目中所有結果文件，一般比較大，會(huì )通過(guò)FTP進(jìn)行下載，請耐心等待下載。