08月28 全轉錄組主流程任務(wù)投遞說(shuō)明
一、登錄百邁客云平臺
下載谷歌瀏覽器，輸入網(wǎng)址https://international.biocloud.net/zh/user/login?，進(jìn)入百邁客云平臺登錄界面，輸入賬號密碼登錄。賬號為手機號或者是郵箱，初始密碼為123.bmk.
二、選擇合適的分析平臺
百邁客云包含農學(xué)和醫學(xué)兩大類(lèi)分析平臺，醫學(xué)分析平臺主要針對人、鼠數據的分析，包含：轉錄組、非編碼RNA、單基因病外顯子、腫瘤外顯子、重測序等數據分析，以及全轉錄組聯(lián)合分析；農學(xué)分析平臺可以應用到更多的物種，涵蓋轉錄組、非編碼RNA、微生物、蛋白、代謝等數據的分析，以及全轉錄組聯(lián)合分析等。點(diǎn)擊左側導航分析->農學(xué)或者醫學(xué)打開(kāi)分析平臺列表頁(yè)面，點(diǎn)擊選擇您想要使用的分析平臺，打開(kāi)其詳細介紹頁(yè)面，該頁(yè)面可以看到該平臺的應用領(lǐng)域“平臺介紹“技術(shù)背景“案例“課堂“版本記錄，點(diǎn)擊打開(kāi)軟件即可進(jìn)入到參數頁(yè)面。
三、創(chuàng )建項目名稱(chēng)
為了方便數據、任務(wù)和報告的管理，我們將同屬于一個(gè)項目的內容會(huì )放到一個(gè)項目中，因此進(jìn)行基本分析時(shí)需要先選擇一個(gè)項目，如果沒(méi)有項目也可以點(diǎn)擊+新建先創(chuàng )建一個(gè)項目，見(jiàn)下圖。
四、數據導入
針對FASTQ測序數據，選擇文件夾批量導入，雙端測序數據必須分別以_1.fq和_2.fq結尾，系統便會(huì )自動(dòng)對數據進(jìn)行配對，而且多個(gè)目錄中的文件可以分多次導入進(jìn)來(lái)一起進(jìn)行分析。（在本公司進(jìn)行測序的數據會(huì )自動(dòng)推送到您的賬戶(hù)下，數據所在文件夾名稱(chēng)為合同編號）
導入數據之后，可以根據自己的需要修改樣品ID，由于此處設置的ID會(huì )體現在分析報告和分析結果中，因此請慎重考慮后再設置，分析完成后不可再次修改。如果平臺上還沒(méi)有您自己的數據，請參考數據上傳先將您的數據傳到云平臺上。
！注：1.各組學(xué)導入數據樣本個(gè)數要一致
????2.circRNA數據選擇去核糖體建庫則與lncRNA共用一套數據，無(wú)需單獨導入（百邁客建庫方法為去核糖體建庫）；選擇去線(xiàn)性建庫則需要單獨導入數據
五、選擇樣本對應關(guān)系
為了方便后面的聯(lián)合分析內容，需要將各RNA項目里的數據按照對應關(guān)系統一編號，有幾組對應關(guān)系則在左側添加幾組，再從右側的lncRNA樣品池和miRNA樣品池中選擇對應的樣本添加到分組。其中默認按鈕可以按照數字的順序快速添加對應關(guān)系。
六、選擇參考基因組
對于依賴(lài)參考基因組序列進(jìn)行分析的平臺，一定要選擇和分析數據對應的參考物種及組裝版本，不同版本的參考基因組的詳細信息可以點(diǎn)擊基因組版本詳情進(jìn)行查看。如果云上沒(méi)有您需要的參考基因組，您可以聯(lián)系對應的運營(yíng)將您提供的基因組文件部署到云平臺上，供您使用。（注：一個(gè)項目只能使用一個(gè)版本的參考基因組進(jìn)行分析）
七、參數設置
- 流程版本號可以選擇默認的最新版本
Lib_type為窗體頂端
- Lib_type ：lncRNA建庫方式，fr-firststrand表示測序數據中，reads2方向與轉錄本方向一致；fr-unstranded為非鏈特異性建庫；fr-secondstrand 表示read1方向與轉錄本方向一致(百邁客lncRNA的建庫方式為fr-firststrand）
- lncRNA分析中反式靶基因預測方法： 樣本少的時(shí)候可以選擇基于序列方法，樣本數較多（大于5）推薦使用基于共表達分析方法。
- miRNA的長(cháng)度范圍和接頭序列可根據實(shí)際情況進(jìn)行填寫(xiě)，主要是為了過(guò)濾原始數據中的街頭，默認參數為百邁客使用的序列
- circRNA預測軟件：給出三種預測方法，CIRI和find_circ是兩個(gè)不同的預測軟件，可以分別選擇其中一個(gè)軟件進(jìn)行預測，CIRI+find_circ是將兩個(gè)軟件預測的結果取交集作為最終的結果，（此選項可能會(huì )導致預測結果偏少）
八、差異分組設置
根據實(shí)驗方案設計以及樣品信息，進(jìn)行分組的設置，流程據此進(jìn)行差異比較分析，此處只支持兩組間比較，可添加多個(gè)差異分組。
DEseq2軟件適用于有生物學(xué)重復的項目，edgeR適用于無(wú)生物學(xué)重復的項目，選擇第一個(gè)，系統會(huì )自動(dòng)識別項目類(lèi)型選擇對應的軟件
- FDR值一般推薦選擇0.01，差異倍數閾值一般推薦選擇2.（此處設置的的參數和差異分組在后期報告個(gè)性化中可再次進(jìn)行修改）
九、聯(lián)合分析參數
- 構建共表達網(wǎng)絡(luò )的篩選條件為共表達相關(guān)性閾值和共表達相關(guān)性分析中顯著(zhù)性閾值兩個(gè)參數，其中共表達相關(guān)性閾值越大，顯著(zhù)性閾值越小，則條件越嚴格。
- 構建ceRNA網(wǎng)絡(luò )的關(guān)系對的篩選條件為ceRNA超幾何檢驗fdr值、ceRNA超幾何檢驗p值、ceRNA共享的miRNA數目三個(gè)參數，其中fdr值和P值越小，共享miRNA數目越大則篩選條件越嚴格。
- 圖中參數為推薦參數
十、生成標準分析報告
參數設置完成之后，可以點(diǎn)擊保存參數，方便之后進(jìn)行重新分析或者基于本次參數進(jìn)行修改后再次分析；一切準備就緒后，點(diǎn)擊提交將任務(wù)提交到百邁客云計算集群上，根據不同分析平臺、不同數據量等待大概2小時(shí)到3周的時(shí)間完成項目分析，獲取到標準分析報告。
報告查看，點(diǎn)擊項目（管理）?->?我的項目打開(kāi)項目列表，找到之前提交任務(wù)時(shí)選擇的項目，點(diǎn)擊項目名稱(chēng)打開(kāi)該項目，即可看到新生成的分析報告記錄，點(diǎn)擊報告名稱(chēng)查看詳細報告。
點(diǎn)擊報告右上角的項目結果下載，可以選擇下載HTML報告、PDF報告和結果數據（尾款結清后）。HTML報告只包括分析報告的html文件及一個(gè)src文件夾，展示了部分結果；PDF報告是根據HTML報告轉換而來(lái)，方便您進(jìn)行報告打??；結果數據包含了項目中所有結果文件，一般比較大，會(huì )通過(guò)FTP進(jìn)行下載
