08月27 蛋白主流程任務(wù)投遞說(shuō)明
一、登錄百邁客云平臺
下載谷歌瀏覽器，輸入網(wǎng)址https://international.biocloud.net/zh/user/login?，進(jìn)入百邁客云平臺登錄界面，輸入賬號密碼登錄。賬號為手機號或者是郵箱，初始密碼為123.bmk.
二、選擇合適的分析平臺
百邁客云包含農學(xué)和醫學(xué)兩大類(lèi)分析平臺，醫學(xué)分析平臺主要針對人、鼠數據的分析，包含：轉錄組、非編碼RNA、單基因病外顯子、腫瘤外顯子、重測序等數據分析，以及全轉錄組聯(lián)合分析；農學(xué)分析平臺可以應用到更多的物種，涵蓋轉錄組、非編碼RNA、微生物、蛋白、代謝等數據的分析，以及全轉錄組聯(lián)合分析等。點(diǎn)擊左側導航分析->農學(xué)或者醫學(xué)打開(kāi)分析平臺列表頁(yè)面，點(diǎn)擊選擇您想要使用的分析平臺，打開(kāi)其詳細介紹頁(yè)面，該頁(yè)面可以看到該平臺的應用領(lǐng)域“平臺介紹“技術(shù)背景“案例“課堂“版本記錄，點(diǎn)擊打開(kāi)軟件即可進(jìn)入到參數頁(yè)面。
三、創(chuàng )建項目名稱(chēng)
為了方便數據、任務(wù)和報告的管理，我們將同屬于一個(gè)項目的內容會(huì )放到一個(gè)項目中，因此進(jìn)行基本分析時(shí)需要先選擇一個(gè)項目，如果沒(méi)有項目也可以點(diǎn)擊+新建先創(chuàng )建一個(gè)項目，見(jiàn)下圖。
四、選擇輸入文件
- 蛋白鑒定表格：蛋白質(zhì)質(zhì)譜鑒定的結果表格。制表符分隔的文本文件，第一列為蛋白ID，其他列為樣品的表達量。對格式不清楚的可點(diǎn)擊查看示例下載示例文件。（百邁客項目的結果文件會(huì )直接推送到客戶(hù)賬號下，文件夾名稱(chēng)為合同編號，可直接導入使用）
- 蛋白數據庫：蛋白質(zhì)質(zhì)譜鑒定所用的數據庫。不同數據庫得到的蛋白ID格式不同。這里給出了常用的uniport數據庫和轉錄組數據庫。如果需要和轉錄組聯(lián)合分析，建議使用轉錄組數據庫,并且可以輸入轉錄組的注釋信息文件，百邁客的轉錄組項目會(huì )自動(dòng)生成此文件，也可以下載示例查看具體的格式）。
五、綜合選項
- 流程版本：選擇最新的版本（目前為0）
- Kegg注釋物種分類(lèi)：點(diǎn)擊下拉框選擇KEGG注釋所用的物種類(lèi)別
- 報告名稱(chēng)：可以自定義方便區分的報告名稱(chēng)，可以使用默認名稱(chēng)
- 物種名稱(chēng)：支持自定義物種名稱(chēng)，與后期生成的任務(wù)名稱(chēng)相關(guān)聯(lián)
- 標準化方式：否：不進(jìn)行標準化；總峰面積：表示每個(gè)樣本中的每個(gè)蛋白除以該樣本總的峰面積；加和方法：先計算單個(gè)樣本所有蛋白的sum值, 再用sum值除以幾個(gè)樣本sum值中最大的，得到偏差系數，最后用蛋白/樣本的偏差系數得到標準化后的值。此處iTRAQ項目數據已經(jīng)進(jìn)行過(guò)歸一化，可以選擇否，lable-free項目推薦總峰面積
六、差異分組設置
根據實(shí)驗方案設計以及樣品信息，進(jìn)行分組的設置，流程據此進(jìn)行差異比較分析，此處只支持兩組間比較，可添加多個(gè)差異分組。
- pvalue值一般推薦選擇0.01，差異倍數閾值一般推薦選擇2.（此處設置的的參數和差異分組在后期報告個(gè)性化中可再次進(jìn)行修改）
- 分組設置：有幾組生物學(xué)重復就在左側的分組池中添加相應數量的分組，再從右側的樣品池中選樣本加入相應的分組中，1個(gè)樣本只能屬于一個(gè)分組且一個(gè)分組的樣本數目不少于2個(gè)（這里需要修改分組名稱(chēng)，分析完成后不可修改）
- 差異分組設置
根據實(shí)驗方案設計以及樣品信息，進(jìn)行分組的設置，流程據此進(jìn)行差異比較分析，此處只支持兩組間比較，可添加多個(gè)差異分組。（此處的參數和差異分組在后期報告個(gè)性化中可再次進(jìn)行修改）
七、生成標準分析報告
參數設置完成之后，可以點(diǎn)擊保存參數，方便之后進(jìn)行重新分析或者基于本次參數進(jìn)行修改后再次分析；一切準備就緒后，點(diǎn)擊提交將任務(wù)提交到百邁客云計算集群上，根據不同分析平臺、不同數據量等待大概2小時(shí)到3周的時(shí)間完成項目分析，獲取到標準分析報告。
報告查看，點(diǎn)擊項目（管理）?->?我的項目打開(kāi)項目列表，找到之前提交任務(wù)時(shí)選擇的項目，點(diǎn)擊項目名稱(chēng)打開(kāi)該項目，即可看到新生成的分析報告記錄，點(diǎn)擊報告名稱(chēng)查看詳細報告。
點(diǎn)擊報告右上角的項目結果下載，可以選擇下載HTML報告、PDF報告和結果數據（尾款結清后）。HTML報告只包括分析報告的html文件及一個(gè)src文件夾，展示了部分結果；PDF報告是根據HTML報告轉換而來(lái)，方便您進(jìn)行報告打??；結果數據包含了項目中所有結果文件，一般比較大，會(huì )通過(guò)FTP進(jìn)行下載，請耐心等待下載。