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06月19 鄭洪坤：“云模式”引領(lǐng)基因科技服務(wù) 2.0 時(shí)代
生物信息和科技服務(wù)行業(yè)正在經(jīng)歷從1.0時(shí)代向2.0時(shí)代的變遷。在這個(gè)變遷的浪潮下，生物科研工作者，科技服務(wù)從業(yè)人員都面臨著(zhù)哪些挑戰和機遇？從業(yè)十五年的百邁客CEO鄭洪坤認為：云模式，才是打開(kāi)基因科技服務(wù)2.0時(shí)代的正確方式。
基因科技服務(wù)1.0時(shí)代：測序數據少，分析以標準分析為主且主要由服務(wù)公司完成
我很有幸一入行就進(jìn)入了生物信息行業(yè)，到現在算起來(lái)也有15年了。這些年見(jiàn)證了生物信息和科技服務(wù)行業(yè)的發(fā)展?？萍挤?wù)在一代測序時(shí)代就存在，爆發(fā)式發(fā)展是從二代測序開(kāi)始之后，隨著(zhù)二代測序進(jìn)入市場(chǎng)，測序價(jià)格大幅下降，二代測序被更多的科研工作者應用?？萍挤?wù)的模式的初期，由于測序數據少，科學(xué)家們選擇一些有特點(diǎn)的物種、品種或者性狀進(jìn)行測序，數據稍加分析就可以得到讓科研工作者為之興奮的結果，科研的創(chuàng )新度較高，發(fā)文章的概率也高，因此大大激發(fā)了科研人員用測序技術(shù)做研究的熱情。這個(gè)測序數據較少，分析要求不高且分析工作單純的由服務(wù)公司來(lái)做的階段可以定義為“科技服務(wù)1.0時(shí)代”。
基因科技服務(wù)2.0時(shí)代：PB級公共數據、云端可視化自主分析的基因大數據挖掘時(shí)代
隨著(zhù)技術(shù)的不斷發(fā)展，測序成本越來(lái)越低，數據也越測越多，已經(jīng)提交到NCBI SRA數據庫的數據就已經(jīng)達到12P以上。特別是人、水稻、小鼠、玉米、豬、牛、大豆等一些重要物種數據積累的數量巨大，而且持續保持著(zhù)高速增長(cháng)。其中蘊含的巨大價(jià)值也開(kāi)始引起廣大科研工作者的興趣，同時(shí)科技服務(wù)1.0模式中的數據挖掘程度已經(jīng)不能滿(mǎn)足科研的需求，科學(xué)家對數據做更深入挖掘的需求越來(lái)越高，需要更多探索性的、個(gè)性化的分析，以從眾多同質(zhì)化的科研項目中脫穎而出。
圖1.公共數據逐年增長(cháng)情況
圖2.Top10公共數據分類(lèi)（單位：Tbases）
數據分析要求變高，對科技服務(wù)類(lèi)公司無(wú)疑是個(gè)大的挑戰。首先，對科研數據的深入挖掘往往涉及到更深層次的科學(xué)問(wèn)題，個(gè)性化程度極強，這就要求生物信息人員不但要掌握生信專(zhuān)業(yè)知識和技能，還有相對豐富的生物學(xué)知識，才能真正理解科學(xué)家的需求，對服務(wù)人員的要求大大提高；其次，由于科研工作本身探索的就是未知領(lǐng)域，存在相當的不確定性，數據分析的結果不一定和科學(xué)家最初的科研設計一致，會(huì )導致科學(xué)家對服務(wù)公司的滿(mǎn)意度不高。因此科研工作者開(kāi)始不斷的換公司進(jìn)行嘗試，隨著(zhù)小公司的不斷涌現，稂莠不齊，科技服務(wù)市場(chǎng)也越來(lái)越混亂。數據分析同質(zhì)化嚴重，數據深入挖掘程度不足，溝通效率低，分析成本高等開(kāi)始制約科技服務(wù)行業(yè)的發(fā)展。因此必須通過(guò)變革，用一種新的更高效的模式來(lái)逐步優(yōu)化現有的科技服務(wù)模式。
因此很多人都想到搭建生物云平臺，在云端放上需要的軟件，放上需要的數據，讓科研工作者可以自己去分析，可以根據自己的需求去做深入數據挖掘，提高科研效率。有不少公司開(kāi)發(fā)了生物云平臺，但是能被科研工作者所廣泛應用卻不是一個(gè)容易的事情。
適合生物科研工作者的云平臺必需具備以下四點(diǎn)要求：首先，需要對客戶(hù)數據分析需求有深入的了解，這就需要有非常豐富的的分析經(jīng)驗，并且可以在現有科技服務(wù)模式上不斷提煉客戶(hù)新的需求；其次，要保障所用軟件數據準確性，就需要豐富的實(shí)踐經(jīng)驗，需要有多年、成千上萬(wàn)項目的積累；再次，要讓生物信息開(kāi)發(fā)和IT開(kāi)發(fā)“兩手抓，兩手都要硬”，即要保證云計算底層架構是符合基因大數據研究的需要，也要保障生物信息軟件符合IT開(kāi)發(fā)的高要求，可視化并簡(jiǎn)單易用的；最后，要有符合當前客戶(hù)特點(diǎn)的培訓體系，讓客戶(hù)能快速上手操作，在平臺上能夠很容易找到實(shí)現自己需求的分析工具和數據。
如此“高配”的要求，正是導致之前開(kāi)發(fā)的一些云平臺不能為科研工作者所用的真正原因。這些平臺，要么里面只有標準化流程，客戶(hù)想要解決的深入挖掘問(wèn)題不能實(shí)現，要么只是各種軟件疊加上去，客戶(hù)看著(zhù)無(wú)從下手；又或者只是在云計算的底層做了大量開(kāi)發(fā)，而應用層開(kāi)發(fā)不到位，導致客戶(hù)根本不會(huì )用。
“百邁客云”使以上問(wèn)題得到破解。百邁客多年的科技服務(wù)經(jīng)驗中提煉出的客戶(hù)需求，數以萬(wàn)計的項目分析經(jīng)驗保證了分析的準確性，生物信息人才和計算機人才團隊的緊密合作，多年生物信息培訓班等知識傳播經(jīng)驗為百邁客云平臺的開(kāi)發(fā)和應用提供了有力的保障。從而使云平臺能夠更好的滿(mǎn)足客戶(hù)數據深入挖掘的需求，能夠在科研工作者中廣泛推廣和輕松使用。這種模式讓我們的研究人員有更多的精力去把握科學(xué)技術(shù)前沿發(fā)展，設計科研的思路，不用擔心生物信息和IT的技術(shù)問(wèn)題，真正實(shí)現了我們一直以來(lái)希望的客戶(hù)通過(guò)云平臺自己做分析，相比科技服務(wù)1.0模式是一個(gè)顛覆性的變革，“授人以魚(yú)不如授人以漁”，這種可以讓生物學(xué)家在云端對自有數據結合PB級公共數據自主進(jìn)行可視化、交互式基因大數據挖掘的科技服務(wù)模式我把它定義為“科技服務(wù) 2.0 時(shí)代”。
百邁客云，讓每個(gè)課題組都輕松具備生信分析能力，引領(lǐng)基因科技服務(wù)2.0時(shí)代
圖3.基因科技服務(wù)2.0時(shí)代
百邁客云提供了“云服務(wù)”和“云賬號”兩種模式。 “云服務(wù)”是測序分析的項目以“云服務(wù)”的模式開(kāi)展，所有的項目數據都會(huì )推送到云上，標準分析都由技術(shù)人員完成，項目相關(guān)的數據深入挖掘和個(gè)性化分析部分由技術(shù)人員帶領(lǐng)客戶(hù)在云上進(jìn)行，客戶(hù)也可以自主在云端進(jìn)行數據分析，簡(jiǎn)單來(lái)說(shuō)就是數據分析科研人員想自己做就自己做，不想自己做就交給公司做，這種模式能夠解決服務(wù)公司售后個(gè)性化分析期限的問(wèn)題，科研人員可以在云上進(jìn)行分析，直到文章的發(fā)表；“云賬號”主要針對做過(guò)或熟悉高通量測序，手里有一些沒(méi)有完全挖掘的數據，還想充分利用公用數據的用戶(hù)，經(jīng)過(guò)簡(jiǎn)單的培訓后，就可以在云平臺上自主分析數據，多種分析軟件都可以使用，深入挖掘自己以前的所有項目數據，也可以利用NCBI等公共數據進(jìn)行挖掘研究，課題組的多個(gè)成員可以同時(shí)開(kāi)展多個(gè)項目，提高研究的效率。
科技服務(wù)2.0時(shí)代對科研工作者是一個(gè)新的機遇。對于科研經(jīng)費相對充足的科學(xué)家，自己往往做較多的測序項目，以云模式進(jìn)行分析能節省大量的分析經(jīng)費，提高經(jīng)費的使用效率，產(chǎn)出更多科研成果。對于科研經(jīng)費相對不太充裕的科學(xué)家，可以通過(guò)充分利用公共數據進(jìn)行科學(xué)研究，節省了不必要的測序費用，用云模式同樣可以產(chǎn)出豐碩的科研成果。
百邁客云從2013年開(kāi)始開(kāi)發(fā)，經(jīng)過(guò)小伙伴們2年多的開(kāi)發(fā)和內部外部測試，以每周一個(gè)新版本的迭代速度于2015年正式邁入市場(chǎng)，成為針對更多生命科學(xué)家的“Turn-key?BioCloud”，2016年開(kāi)始全國推廣。百邁客云得到了像中國科學(xué)院院士陳潤生院士、中科院基因組所于軍研究員、北京大學(xué)羅靜初教授等中國生物信息領(lǐng)域的權威專(zhuān)家的大力支持和幫助。百邁客云日臻完善，可以開(kāi)放的讓科研工作者來(lái)體驗和使用，目前已經(jīng)有上萬(wàn)科研用戶(hù)注冊使用，開(kāi)啟了云端自主數據深入挖掘的新時(shí)代。得到廣大科研用戶(hù)的肯定是對我們最大的鼓勵，百邁客“云模式”將持續迭代開(kāi)發(fā)，繼續引領(lǐng)科技服務(wù)2.0時(shí)代，更好的服務(wù)于科研工作者，加速科研創(chuàng )新，“成就客戶(hù)”是我們服務(wù)的理念，讓每一個(gè)課題組都具備生物信息分析能力，讓每一位科學(xué)家能從百邁客云模式中受益。