01月08 這是一個(gè)神奇的網(wǎng)站……(上)
今天小編帶大家看一看百邁客云物種數據庫的核心功能模塊。
百邁客云物種數據庫采用模塊化設計，標準功能模塊主要有三大類(lèi)
1.存儲&查詢(xún)模塊
? ? ? ? 存儲&查詢(xún)模塊設置了種質(zhì)資源、突變體信息、性狀座位信息、分子標記、基因功能信息、基因組數據、轉錄組數據的存儲和查詢(xún)模塊
01物種種質(zhì)資源存儲&查詢(xún)模塊
種質(zhì)資源是一種遺傳資源。種質(zhì)系指農作物親代傳遞給子代的遺傳物質(zhì)，它往往存在于特定品種之中。如古老的地方品種、新培育的推廣品種、重要的遺傳材料以及野生近緣植物，都屬于種質(zhì)資源的范圍。用戶(hù)可在該模塊中按照物種的名稱(chēng)、編號、父母本、省份、地理位置、表型查詢(xún)相關(guān)材料品種概況。
02物種突變體信息存儲&查詢(xún)模塊
用戶(hù)在該模塊通過(guò)突變體名稱(chēng)或表型檢索相關(guān)突變體，搜索結果可展示出突變體名稱(chēng)、編號、突變基因信息等。其中，點(diǎn)擊突變基因可鏈接至“基因查詢(xún)模塊”查詢(xún)基因功能、序列、基因組位置等詳細信息。
03物種性狀座位信息存儲&查詢(xún)模塊
在該模塊用戶(hù)通過(guò)輸入表型數據查詢(xún)該性狀控制座位在基因組上的定位結果，該結果整合自不同研究不同定位方法定位結果，并可視化展示相應性狀座位對于于最新版本基因組上的位置及相關(guān)基因。其中，相關(guān)基因也可鏈接至“基因查詢(xún)模塊”查詢(xún)基因功能、序列、基因組位置等詳細信息。
04分子標記存儲&查詢(xún)模塊
用戶(hù)可按照精確編號、模糊編號（正則匹配）、或連鎖性狀搜索分子標記，搜索結果含有標記序列信息、標記擴增引物序列、標記上下游基因（可鏈接至“基因查詢(xún)模塊”）、標記相關(guān)性狀等。
05基因功能信息存儲&查詢(xún)模塊
在該模塊中，用戶(hù)可以基因名稱(chēng)、基因ID、功能關(guān)鍵詞、物種基因組起始位置、轉錄本序列、是否定位、是否克隆為條件檢索目標基因，檢索結果包括基因轉錄本序列（核苷酸or氨基酸序列）、染色體、起止位置、各功能數據庫注釋結果、相關(guān)文獻、相關(guān)性狀（可鏈接至“物種性狀座位信息存儲&查詢(xún)模塊”）。
06基因組數據存儲&查詢(xún)模塊
1）使用基因組版本號檢索相關(guān)基因組信息，檢索結果包括該基因組序列組裝、結構注釋、功能注釋、測序數據等，所有結果均支持本地下載；
2）可按照物種名檢索相關(guān)泛基因組信息，檢索結果包括各品種基因組序列組裝、結構注釋、功能注釋、變異位點(diǎn)、測序數據等，所有結果均支持本地下載；
3）按品種名檢索該品種全基因組重測序、簡(jiǎn)化基因組重測序測序數據及變異位點(diǎn)檢測結果。
07物種轉錄組數據存儲&查詢(xún)模塊
1）用戶(hù)可通過(guò)基因ID與基因name檢索相關(guān)基因下轉錄本序列、項目中的轉錄水平、差異表達、共表達、互作信息等，檢索結果支持本地下載。
2）按項目名稱(chēng)檢索相關(guān)轉錄組學(xué)項目測序數據及完整分析結果，檢索結果支持本地下載。
2.分析工具模塊
分析工具均可從網(wǎng)頁(yè)調用，無(wú)需用戶(hù)掌握任何編程基礎。包含數據庫自帶分析工具，比如 blast、blat、引物設計、轉錄因子、metaQTL等；當然也可調用部署在百邁客公有云計算平臺（www.holisticcircumcision.com）的分析流程（APP）與生信軟件（Tools。APP包括有參/無(wú)參轉錄組分析APP、lncRNA分析APP、microRNA分析APP、circleRNA分析APP、重測序分析APP、GWAS個(gè)性化分析APP、BSA個(gè)性化分析APP、遺傳圖譜個(gè)性化分析APP、微生多樣性分析APP等；Tools模塊包含100余款各類(lèi)生信分析軟件，涵蓋比對、注釋、繪圖、統計等；
?BMKCloud個(gè)性化分析示例
3.公共數據庫模塊
包含7大模塊：
01高通量測序數據庫
? 該公共數據庫模塊同步NCBI維護的SRA、GEO兩大高通量測序數據庫，目前該模塊12PBase，1100個(gè)屬的高通量測序數據，數據類(lèi)型涵蓋RNA-seq、全基因組重測序、WES、基因組denovo組裝、甲基化、ChIP-seq等。
? 用戶(hù)可按物種名稱(chēng)、數據編號、研究方向檢索相關(guān)高通量測序公共數據，檢索結果無(wú)需下載，一鍵導入數據庫自帶分析工具或百邁客公有云計算平臺（www.holisticcircumcision.com）分析工具即可進(jìn)行數據分析。
02功能基因數據庫
該公共數據庫模塊整合包括GO、KEGG、miRbase、lncRNAdb、MiRTarBase、UniProt、genbank等在內的30多個(gè)基因功能&序列類(lèi)數據庫，目前收錄了約1700萬(wàn)條基因相關(guān)信息，用戶(hù)輸入基因名稱(chēng)、ID、功能關(guān)鍵詞后，一鍵即可獲取基因的功能、序列、同源基因、表達、相關(guān)ncRNA、變異、相關(guān)文獻等信息。
03功能定位數據庫
該數據庫收錄了所有公共的性狀相關(guān)數據，目前已收錄11個(gè)物種347個(gè)性狀相關(guān)的QTL位點(diǎn)數據，如QTL、eQTL、候選基因、關(guān)聯(lián)數據等信息，QTL性狀位置可視化展示以及物種間的比較，為各個(gè)物種間定位信息的比較提供重要的數據。
04文獻數據庫
該公共數據庫模塊同步NCBI維護的PubMed文獻索引數據庫，目前收錄2600萬(wàn)+文獻信息，該模塊支持按照發(fā)表日期、影響因子、文章類(lèi)型、信息完整度（有無(wú)測序數據、有無(wú)全文等）進(jìn)行精確檢索，檢索結果包括文獻題目、摘要、全文鏈接、文獻所涉及測序數據等。
05其他公共數據庫模塊
? 參考基因組數據庫：包含有826個(gè)物種的924套參考基因組信息；
? 變異數據庫：整合了dbSNP庫中的數據信息，目前收錄了8億+變異數據，支持通過(guò)rs、ss號進(jìn)行信息的檢索，并且支持篩選特定物種的、特定染色體、特定區域的變異信息；
? 互作網(wǎng)絡(luò )數據庫：整合了PPI、StarBase、LncRNADisease三個(gè)數據庫中的4類(lèi)互作網(wǎng)絡(luò )信息，目前共收錄了306萬(wàn)互作網(wǎng)絡(luò )關(guān)系，包含了lncRNA、miRNA、mRNA、circRNA四類(lèi)數據。
