03月20 百邁客云平臺——助您輕松搞定GO、 KEGG富集圖繪制
GO、KEGG分類(lèi)富集圖繪制工具對給定的基因集結合注釋信息繪制GO分類(lèi)富集圖、KEGG分類(lèi)富集及通路富集圖。GO分類(lèi)富集圖是通過(guò)對基因進(jìn)行GO?terms?富集度統計學(xué)的分析，計算出基因的P_value和Corrected_P-value，定位基因最可能相關(guān)的GO?term。KEGG分類(lèi)富集圖是可以把顯著(zhù)的pathway進(jìn)行富集，有助于找到實(shí)驗條件下顯著(zhù)性變化的生物學(xué)調控通路。
適用數據類(lèi)型：轉錄組研究數據和基因組研究數據
軟件：R包（ggplot2）
操作步驟
登錄百邁客云首頁(yè)（www.holisticcircumcision.com）——分析——工具——繪制GO和KEGG富集圖。
操作方法
1.輸入文件
Anno: 是所有基因功能注釋的結果總表，一般百邁客的有參、無(wú)參項目中會(huì )有這個(gè)數據，通常的命名為All_Database_annotation.xls。
Genes_id: 指需要進(jìn)行分析的基因集文件，txt文本格式，每一行是一個(gè)基因的名字。
GO_top_lines：指定前多少行用于GO富集繪圖，在進(jìn)行GO富集分析的時(shí)候，會(huì )將結果按P值進(jìn)行排序，然后挑選前n行進(jìn)行繪圖，默認為20。
2.注意事項
（1）注釋總表（All_Database_annotation.xls），該文件包含Integrated_Function.anno、Function_anno.stat、GO.list、GO_tree.stat、Kegg.pathway、Kegg.ko等6個(gè)工作表，其中GO.list、GO_tree.stat、Kegg.pathway、Kegg.ko這四個(gè)必須包含，且命名完全一致。
（2）Genes_id和注釋總表的基因ID相對應；
（3）文件名稱(chēng)：包含字母數字以及下劃線(xiàn)，不能以數字開(kāi)頭，不能有空格，不能有特殊字符等。
（4）如果是在百邁客云上分析的結果，只需要在項目結果中找到All_Database_annotation.xls文件輸入即可。如果不是在百邁客做的項目，沒(méi)有這個(gè)文件，您需要先將FASTA格式的文件在云平臺的“基因功能注釋”小工具中得到All_Database_annotation.xls，如下示意圖。
3.結果說(shuō)明
該結果包含兩個(gè)文件GO和KEGG
GO包含以下文件:
其中g(shù)o_enrichment.png是GO富集結果圖，選擇置信度Pvalue最高的20個(gè)繪制通路富集圖；GO.Classification.png是GO分類(lèi)圖。
KEGG包含以下文件：
KEGG.Classification.png是KEGG分類(lèi)圖。
案例展示
百邁客云平臺的GO、KEGG分類(lèi)富集圖繪制小工具得到了許多老師的認可，目前已經(jīng)有一些老師運用這款小工具發(fā)表了文章，比如鄭州大學(xué)安秀麗老師課題組對四倍體與二倍體蕪菁轉錄組比較分析的研究中運用了GO、KEGG分類(lèi)富集圖繪制工具，文章發(fā)表在《Frontiers in Plant Science》雜志上。
此外，中國農業(yè)科學(xué)院油料作物研究所的胡瓊老師課題組對參與油菜分蘗調控相關(guān)信號通路的研究中也運用了GO、KEGG分類(lèi)富集圖繪制工具，文章發(fā)表在《Int J Mol Sci》雜志上。
百邁客云平臺是由北京百邁客生物科技有限公司開(kāi)發(fā)，集生物信息分析軟件、數據庫以及云計算為一體的生物大數據分析平臺。GO、KEGG分類(lèi)富集圖繪制小工具就介紹到這里了，請關(guān)注百邁客云微信公眾號，后期會(huì )有更多小工具的介紹和操作指引，如果您在操作過(guò)程中遇到任何問(wèn)題都可以聯(lián)系咱們的云客服，歡迎點(diǎn)擊屏幕右下方客服圖像進(jìn)入咨詢(xún)環(huán)節。
參考文獻：
1. Zhao R, Feng J, Yin X, et al. Antibiotic resistome in landfill leachate from different cities of China deciphered by metagenomic analysis.[J]. Water Research, 2018, 134:126–139.
2. Cheng H, Hao M, Wang W, et al. Integrative RNA- and miRNA-Profile Analysis Reveals a Likely Role of BR and Auxin Signaling in Branch Angle Regulation ofB. napus:[J]. International Journal of Molecular Sciences, 2017, 18(5):887.